Patternsearch in Sequences

Mustersuche in Sequenzen - Tobias Marschall

Organisatorisches

  • Das Proseminar findet als Blockseminar statt.
  • Die Vorbesprechung/Themenvergabe ist Do 24.4., 16h in Geb. E2.1, Raum 1.06.
  • Das Blockseminar wird im September oder Oktober stattfinden. Der Termin wird in der Vorbesprechung diskutiert.
  • Es werden bis zu 10 Themen vergeben
  • Jede Teilnehmerin / jeder Teilnehmer erstellt eine schriftliche Ausarbeitung und hält einen Vortrag.

Inhalt

Unter Mustersuche (auch als Motivsuche bekannt) verstehen wir das Entdecken von auffällligen Mustern in einer gegebenen Sequenz. Ein Muster ist z.B. dann "auffälllig", wenn es überrepräsentiert ist, also wesentlich häufiger vorkommt als erwartet. Das Problem der Mustersuche ist ein klassisches Problem der Bioinformatik für dessen Lösung hunderte verschiedene Algorithmen existieren. Die Bandbreite der eingesetzten algorithmischen und statistischen Methoden ist dabei sehr groß. In diesem Proseminar soll von jeder Teilnehmerin / jedem Teilnehmer eine Methode zur Lösung des Problems vorgestellt werden. Auf diese Weise befassen wir uns mit einer großen Bandbreite verschiedener Techniken, die alle dasselbe Ziel verfolgen und dabei unterschiedliche Stärken und Schwächen haben.

Geschützter Bereich

Weitere Materialien werden hier zur Verfügung gestellt: password protected area.